Стоглавое уложение укрепляло дисциплину, сводило к единообразию церковную службу и обряды. Всё это способствовало процессам централизации. В очередной раз было заявлено о неприкосновенности церковного землевладения, однако его рост был поставлен под контроль царской власти.