Почему существительные в предложном падеже имеют разные окончания

Потому-что разные склонения 

... они разных склонений.

Очень часто мы упускаем саму суть темы - существительные разделили на склонения, чтобы легче научиться писать окончания в разных падежах.

В предложном падеже существительные 1 склонения оканчиваются на е, 2-го - на е, 3-го - на и.