Почему стоит запятая после "проверок" В зависимости от категории определяется периодичность проведения плановых проверок, и формируется план проверок.

Вообще это обычное сложное предложение, то есть в нем есть две грамматические основы (определяется периодичность и формируется план), поэтому ставим запятую между частями сложного предложения. Однако я бы ставить запятую в этом предложении не стал, так как в нем есть общий для обеих частей сложного предложения член в зависимости от категории.