Здесь сложно понимается значение слова с группой. В ДАННОМ КОНТЕКСТЕ МОЖНО ТРАКТОВАТЬ ДВОЯКО.Поэтому можно уточнить. Основную работу с экспериментальной группой мы начали с начала учебного года. Основную работу в составе группы мы начали с начала учебного года.
Основную работу с экспериментальной группой мы начали с начала учебного года.
Основную работу в составе группы мы начали с начала учебного года.