На Шексне очень активное грузовое судоходство. с "Северстали" идут суда с продукцией комбината, предназначенного на импорт, а ещё на Череповцкий металлургический комбинат везут металлолом с Москвы и Верхней и Средней Волги. По Шексне проходит также линия по перевозки нефти с Камы и Волги также в Санкт-Петербург, где ее перегружают в морские танкеры. А с Ладожского и Онежского озера в сторону Волги и Москвы по Шексне везут гранит, гравий, песок и прочие нерудные материалы, используемые при строительстве.
