"Зодчий" восходит к тому же корню, что и "здание", "созидать", и образовано так же, как слова "ловчий", "кравчий". Более подробно можно посмотреть у Фасмера, ещё подробнее расписано у Виноградова. Интересно, что слово "зодчий" считалось устаревшим уже в первой половине XIX века.