Наконец, существует и теория, что Франциск Скорина был протестантом. Реформаторы XVI века считали Скорину своим соратником. На него ссылались в своих работах Сымон Будный и Василь Тяпинский. В документах XVII—XVIII столетия Скорина упоминается как протестант. Интересным фактом является и то, что экземпляр скориновской «Малой подорожной книжки» из собрания Британской Библиотеки (Лондон) носит на себе экслибрис Пауля Сператуса (1484—1551), соратника Мартина Лютера: в 1524 году Пауль Сператус прибыл в Пруссию по рекомендации Лютера и стал там главным деятелем реформации, а с 1530 г. стал лютеранским епископом Помезании. Как полагают, Скорина вручил епископу Сператусу этот экземпляр при посещении Кёнигсберга в 1530 г. Характерно и то, что прусский герцог-реформатор Альбрехт пригласил в Кёнигсберг именно Франциска Скорину, хотя мог бы найти специалистов в книгопечатании и медицине среди единоверцев и соотечественников. Словенский лингвист Копитар в изданном в Словакии в 1839 году на латыни труде, ссылаясь на работы современных ему исследователей лютеранства, предположил не только встречу Скорины с Мартином Лютером в Виттенберге за ужином в доме Филиппа Меланхтона, но и некие козни, которые строил Скорина против Лютера. И одновременно усомнился в этой теории: «Уже если бы кто-нибудь [внимательно] рассмотрел то, что в 1517—19 г. в богемской Праге доктор медицины университета Франциск Скорина издал со вкусом Библию русскую и вслед за этим в 1525 г. в Вильно другие многочисленные церковные [ecclesiastica] литовско-русские книги, то не родилось бы у него полностью естественное предположение, что то подозрение относилось к этому доктору Скорине, грекокатолику, который переводя с Вульгаты, был противником Лютера, переводившего с оригинала. И по этой самой причине он [Скорина] более всего мог быть неприятен этому реформатору, протестанту [hieromonacho], к тому же женатому».
