Имеют ли одинаковый смысл понятия молекула и атом

Нет. Молекула это частица состоящая из атомов, а атом это частичка таблицы Менделеева. Вот наглядный пример:
Есть молекула воды. Молекулу воды пишут так: Н2О. Почему воду обозначаем именно так? Потому эта молекула состоит из 2-х атомов Н (водорода) и 1-го атома О (кислорода).