Алексей Михайлович имел очень дружеские отношения с Патриархом Никаном и ,в целом, благодаря царю, Никон в 1649 году был избран митрополитом Новгородским!Он добросовестно исполнял свои обязанности, но вскоре отношения царя и Никона были испорчены!Многие считают,что это произошло из-за теории Никона о превосходстве духовной власти над светской.Как следствие, он был осуждён и сослан в Ферапонтов монастырь!