К IV веку манихейские общины существовали почти на всей территории Римской и Сасанидской империй и в окрестных странах. Римские власти с манихейством боролись: первый антиманихейский указ издал Диоклетианв 297 году, в дальнейшем такие указы издавали христианские императоры в 326, 372 и 381—383 годах. К VI веку манихейство на Западе пришло в упадок. В этот же период в государстве Сасанидов началась борьба со всеми незороастрийскими религиозными организациями, из-за чего большинство манихеев осели в Центральной Азии, центр религиозной организации был перенесён в Самарканд. В VII—VIII веках манихейство проникает в Китай. В 762 году в манихейство обратился Бегю-каган — глава уйгурского государства; официальной религией оно было до разгрома каганата в 840 году, но впоследствии сохранилось в уйгурском Гаочанском государстве, а также проникло в Южную Сибирь, где просуществовало до монгольского завоевания. С IX века начинается преследование манихейства в Китае, аналогичные процессы происходили в мусульманских государствах. Тем не менее, манихейские общины зафиксированы на территории Туркестана и Китая до XIV века, как минимум один манихейский текст вошёл в даосский канон. Манихейство под видом буддийской секты сохранялось в Южном Китае до начала XVII века, единственный манихейский храм остался в Фуцзяни, но он принадлежит буддийской общине.
