В 16 в. в северной области Индии, находившиеся под властью Великих Моголов (1525–1858), переселяются группы евреев из Ирана, Афганистана, Средней Азии, привлеченные религиозной толерантностью первых представителей династии. Особой терпимостью отличался Акбар (правил в 1556–1605 гг.) , который провозгласил принцип мира между разными религиями в своих владениях, отменил подушный налог на зимми, пытался создать новую монотеистическую религию «дин-и илахи» (`божественная вера`) и даже открыл при своем дворе синагогу. Еврейские поселения возникли в Дели, Лахоре, Агре и ряде городов Кашмира. Впоследствии большинство евреев-иммигрантов растворилось в местном мусульманском населении, хотя отдельные семьи сохраняют и поныне память о своем еврейском происхождении. Одним из ярких представителей пантеистического мистицизма был принявший ислам еврей из Ирана поэт Сармад Кашани (казнен в Агре в 1661 г.) , отвергавший рамки какой-либо конкретной религии.
Социальные конфликты XVII–XVIII вв. можно разделить на две группы: крестьянские восстания и городские движения. Первое крестьянское восстание под предводительством Хлопка (1603) вспыхнуло вследствие ужесточения крепостного гнета. Следующее восстание под предводительством И.И. Болотникова (1606–1607), помимо этого, было обусловлено недовольством широких слоев населения (крестьяне, холопы, казаки, посадские люди, дворяне) «боярским царем» Василием Шуйским, в противовес которому выдвигались различные самозванцы. В южных регионах страны действовали отряды «царевича Петра Федоровича» (И.И. Горчакова), к которому позднее примкнул Болотников, называвший себя «воеводой царевича Дмитрия». Предательство дворян, перешедших на сторону царя, привело к разгрому восстания, хотя отдельные социальные группы (казаки) продолжали сопротивление царскому правительству до сер. 1610-х гг. Еще более крупное восстание в казацкой среде, усилившейся за счет большого количества беглых людей, произошло в Поволжье под руководством С.Т. Разина (1670–1671) и было направлено против боярского правительства. Несмотря на то, что войску Разина удалось захватить ряд поволжских городов (Астрахань, Царицын, Саратов, Самара), движение было разгромлено вследствие предательства казацкой старшины. Восстание под предводительством К.А. Булавина помимо недовольства феодально-крепостническими порядками было спровоцировано социальным расслоением внутри донского казачества. Восстание под предводительством Е.И. Пугачёва, охватившее в 1773–1775 гг. Поволжье и Приуралье, было крупнейшим крестьянским движением в царской России. Характерными его чертами являлось наличие достаточно четкой политической программы, отражавшей интересы казачества и предусматривавшей ликвидацию крепостного права. Для легитимации своих претензий Пугачев в отличие от Разина обратился к традиции «самозванчества» и объявил себя «императором Петром III», воспользовавшись загадочными обстоятельствами смерти последнего.Городские восстания XVII в. были обусловлены недовольством т.н. посадских людей экономической политикой царского правительства. Восстание 1648 г. в Москве (т.н. соляной бунт) было направлено против организаторов соляного налога (боярин Б.И. Морозов, дьяки Плещеев, Траханиотов, Чистой), пытавшихся после неудачи своего предприятия взыскать с населения прямые налоги за три предшествующих года. Восстание 1650 г. в Пскове и Новгороде было вызвано повышением цен на хлеб. Восстание 1662 г. в Москве (т.н. медный бунт) было направлено против денежной политики царского правительства, приравнявшего медную монету к серебряной, что в результате бесконтрольной эмиссии новых денег привело к падению их покупательной и увеличению инфляции.