В то же время Мюнцер, находившийся в Тюрингии, предпринял решительную попытку переломить ход войны. Находясь в Мюльхаузене с 1525 года, он делает этот город центром крестьянского движения в Тюрингии и Саксонии. Восставшие действовали во многих пунктах этих земель, вооружённые отряды занимали города, замки, господские имения и монастыри. Господскую землю и добро крестьяне, по указанию Мюнцера, делили между собой. Крестьяне питали к Мюнцеру большое доверие и советовались с ним по всем вопросам борьбы с феодалами и по своим хозяйственным делам.