На этапе загрузки компьютера происходит поочередное обращение к имеющимся в компьютере дискам с целью обнаружения среди них системного диска. Для чего, по вашему мнению, это нужно? Почему однозначно не указывают, какой именно диск является системным?
Если на компьютере установлено несколько систем то это нужно для того, чтобы в дальнейшем задать вопрос пользователю какую систему загрузить. В Bios можно указать с какого диска грузиться, тогда будет загружаться всегда одна система, без возможности выбора.