На отдельных территориях существует проблема качества подземных вод. Наряду с природными причинами качество воды в значительной степени зависит от влияния антропогенных источников загрязнения. Острой остается ситуация с загрязнением нитратами подземных вод в Липецком районе, в райцентрах Становое, Измалково.Не в полном объеме используются запасы минеральных лечебно-столовых вод. Общее количество извлекаемых минеральных подземных вод в 2006 году составило 13,1% от утвержденных запасов.Поверхностные водные объекты представляют собой мощный ресурсный потенциал: 127 рек, 502 ручья, 3026 водоемов. Существующая сеть водных объектов полностью обеспечивает потребности предприятий промышленности и аграрного комплекса.Качество воды основных водных объектов стабильно и соответствует 2-му и 3-му классам чистоты и, в свою очередь, соответствует рыбохозяйственной категории.