Бактериальные клетки не имеют мембранных органоидов, характерных для клеток эукариот, — митохондрий, пластид, эндоплазматической сети, комплекса Гольджи, лизосом. Функцию этих органоидов выполняет цитоплазматическая мембрана или ее производные. Кроме того, в прокариотических клетках отсутствует клеточный центр и цитоскелет. В то же время в цитоплазме располагаются многочисленные рибосомы, которые имеют сходное строение с рибосомами эукариот, но отличаются меньшими размерами. Без рибосом прокариотическая клетка не сможет существовать, так как в них синтезируется необходимые бактерии белки.
На мембранах мезосом прокариотических клеток располагаются ферменты, осуществляющие окислительно-восстановительные реакции, а у фотоситезирующих прокариот — соответствующие светочувствительные пигменты. Благодаря этому мезосомы могут выполнять функции митохондрий, хлоропластов и других органоидов.