По сравнению с кишечнополостными плоские черви – первые трехслойные животные. Полость тела отсутствует, промежутки между органами заполнены паренхимой.
Плоские черви появились на Земле позже кишечнополостных и в сравнении с ними имеют более сложное внутреннее строение. Кроме эктодермы и энтодермы у них имеется третий слой тела — мезодерма. К трёхслойным, относятся и другие животные, возникшие в эволюции позже кишечнополостных. У трёхслойных, животных эктодерма, энтодерма и мезодерма имеют вид слоев только на начальном этапе индивидуального развития — у зародыша. У взрослого организма они преобразованы в различные ткани и органы. Из эктодермы формируются, например, эпителий наружных покровов и нервная система, из энтодермы — внутренняя стенка кишечника и печень из мезодермы — мышцы и половые органы.