Одним из преобразований Петра I была осуществлённая им реформа церковного управления, направленная на ликвидацию автономной от государства церковной юрисдикции и подчинение российской церковной иерархии Императору. В 1700 году, после смерти патриарха Адриана, Пётр I вместо созыва собора для выборов нового патриарха временно поставил во главе духовенства митрополита Рязанского Стефана Яворского, получившего новый титул Блюстителя патриаршего престола или «Экзарха».
Пётр I не желал мириться с особым положением Церкви в государстве. После смерти в 1700 г. патриарха Адриана царь не допустил выборов нового главы Церкви. В 1701 г. был восстановлен Монастырский приказ, установивший контроль государства за землями и доходами монастырей.