СТЭ внесла важнейший вклад в формирование современных представлений о путях и закономерностях эволюции, вскрыла её глубинные механизмы. Важнейшие успехи эволюционной биологии в последние годы были достигнуты благодаря активному применению в эволюционных исследованиях идей и методов молекулярной генетики и биологии развития.