Эвглена зеленая может также поглощать готовые органические вещества всей поверхностью тела — быть гетеротрофом. Такой способ питания преобладает у нее в отсутствие света. Поэтому эвглена зеленая из-за смешанного питания относится к автогетеротрофным протистам.