ДНК-связывающие белки — это белки, которые образованы с ДНК-связывающих доменов, а следовательно имеют специфическую или общую сродство к одно- или двухниточных ДНК. ДНК-связывающие белки, которые есть сайт-специфическими, в основном взаимодействуют с большой бороздкой B-ДНКа, потому что она экспонирует больше функциональных групп, которые идентифицируют пару оснований. Однако известны и к малой борозды ДНК-связывающие лиганды, такие как Нетропсин, Дистамицин, Hoechst 33258, Пентамидин, ДАФИ (4.6-диамидо-2-фенол-индол) и другие.
