При новом князе Иван III «собирание» земель носило уже не просто механический характер. Присоединенные территории сразу включались в политико-административную систему Московского княжества: туда стали посылаться представители великокняжеской власти на местах — наместники, в чьих руках сходились все нити управления. Кроме того, коренным образом менялась структура местного землевладения. Так, ярославских князей лишали земель, и из удельных государей они превратились в обычных землевладельцев, подданных великого князя, получавших новые земли в разных областях в качестве пожалования. Таким образом разрушались местные военно-служилые корпорации и уничтожалась почва для возможной оппозиции великокняжеской власти. Московская администрация также активно переманивала частновладельческих крестьян на земли великого князя. Они получали льготы, а государева казна пополнялась за счет выплачиваемых ими пошлин. Такие методы Иван 3 использовал и на других территориях.