Анализирующее скрещивание гетерозиготных особей АB/аb с рецессивной формой ab/ab даст не два, а четрые класса фенотипов и генотипов AB/ab, ab/ab; Ab/ab; aB/ab. По количественному соотношению этих классов напоминают расщепление при анализирующем скрещивании дигибрида при свободном комбинировании генов. Однако числово отношение классов при неполном сцеплении отлично от свободного комбинирования, дающег отношение 1:1:1:При неполном сцеплении возникают два новых класса зигот с иными, чем у родителей, сочетанием генов, а именно Ab/ab и aB/ab, Aabb:aaBb.