В зв'язку з тим що концентрація речовин у цитоплазмі амеби вища, ніж у прісній воді, створюється різниця осмотичних тисків всередині і зовні тіла найпростішого. Внаслідок цього прісна вода проникає в організм амеби, але її кількість залишається в фізіологічних межах, оскільки пульсівна вакуоля "відкачує" надлишок води з тіла. Це підтверджується тим, що пульсівні вакуолі є лише у прісноводних найпростіших. У морських вона або відсутня, або скорочується дуже рідко.
