Зозулин льон — один із найпоширеніших представників зелених мохів, у лісах утворює густі зарості. Стебло гаметофіта заввишки від 15—20 до 40 см, пряме, нерозгалужене, густо вкрите сидячими, лінійноланцетними листками. Зозулин льон — багаторічна дводомна рослина. Антеридії і архегонії розвиваються на верхівках стебел.